Η ΤΡΑΙΝΟΣΕ, επειδή στο πρόσφατο παρελθόν ήταν θυγατρική εταιρεία του κρατικού ΟΣΕ, είχε όνομα με συνθετικό το «ΟΣΕ».
Από το 2017 όμως είναι μια ιδιωτική εταιρεία, η οποία ανήκει στον ιταλικό όμιλο της FS.
Επειδή δεν θέλει να συγχέεται με τον ΟΣΕ (ο ΟΣΕ είναι ο διαχειριστής της υποδομής, η ΤΡΑΙΝΟΣΕ είναι ο σιδηροδρομικός πάροχος), εδώ και αρκετό διάστημα συζητιόταν η αλλαγή της επωνυμίας της.
Το νέο όνομα της ΤΡΑΙΝΟΣΕ, η οποία έχει μετακομίσει σε νέα γραφεία στο κέντρο της Αθήνας, αναμένεται να ανακοινωθεί εντός του μηνός, με την επίσημη δρομολόγηση της νέας αμαξοστοιχίας ATR 470.
Μάλιστα, αναμένονται και στελέχη της μητρικής FS στην Ελλάδα.